通過(guò)一組相關(guān)的基因或者蛋白質(zhì)的多序列比對(duì)或其他性狀,可以研究推斷不同物種或基因之間的進(jìn)化關(guān)系。
認(rèn)為分子進(jìn)化速率是恒定的或者幾乎恒定的假說(shuō),從而可以通過(guò)分子進(jìn)化推斷出物種起源的時(shí)間。
通過(guò)序列的相似性檢索得到許多相似性序列,將這些序列做一個(gè)總體的比對(duì),以觀(guān)察它們?cè)诮Y(jié)構(gòu)上的異同,來(lái)回答大量的生物學(xué)問(wèn)題。